Aunque AETC sea una asociación territorial también se involucra en fomentar la actividad y el desarrollo a nivel sectorial de las empresas de Tres Cantos. Por ello, AETC cuenta con varias comisiones sectoriales con el objetivo de acercarse más a los intereses de sectores concretos del municipio.
Las comisiones se reúnen varias veces al año y sirven como punto de encuentro para debatir y hablar de los problemas que afectan a cada sector. En esas reuniones se extraen una serie de medidas y acciones a llevar a cabo por parte de la Asociación con el objetivo de mejorar las condiciones de cada sector. Alcostock o la Feria del Vehículo de Ocasión de Tres Cantos son algunas de las iniciativas que han surgido desde las comisiones.